ختنه باید توسط پزشک با تجربه انجام گیرد و پزشک باید توصیههای بهداشتی بعد از ختنه را به مادر تذکر دهد. اگر پزشک در عمل دقت نماید، معمولا ختنه کردن عوارضی ندارد. ولی ممکن است پزشک پوست را کمتر یا زیادتر از معمول ببرد و بردارد و لذا آلت ناشکل گردد و والدین خشنود نباشند. ولی مهم نیست و با بزرگ شدن کودک شکل طبیعی خواهد داشت. عارضه مهم خونریزی شدید است. همچنین امکان دارد پزشک سر آلت را ببرد و این بسیار به ندرت اتفاق میافتد.
مرکز پیشگیری و مبارزه با بیماریهای آمریکا خطر ختنهای را که با رعایت ضوابط پزشکی انجام شود اندک میداند. عوارض ختنه معمولاً خونریزی و التهاب است و عوارض جانبی شدیدتر بینهایت نادر هستند. در این پیشنویس احتمال ایجاد عوارض جانبی خفیف در نوزادان نیم درصد، در کودکان نه درصد و در بزرگسالان پنج درصد ذکر شده است. در مورد زمان ختنه کردن مرکز پیشگیری و مبارزه با بیماریهای آمریکا میگوید که ختنه در نوزادان و کودکان آسانتر و ارزانتر و کم خطرتر است، اما اگر ختنه تا دوران نوجوانی یا بزرگسالی به تعویق بیفتد، خود فرد هم میتواند در تصمیم گیری مشارکت کند.
عوارض عمل ختنه درحدود 5-0.2 درصد موارد گزارش شده است. بیشتر عوارض خفیف هستند. ضعف تکنیکی میتواند موجب بر جای ماندن عوارض خطرناک زودرس و دیر رس شود. شایعترین عارضه خونریزی است،که در 0.1 درصد موارد مشاهده شده است و در کودکان بزرگتر شایع تر میباشد. این خونریزی به ندرت نیاز به انتقال خون دارد و با اقدامات ساده ؛ازجمله فشردن آلت کنترل میشود. دومین عارضه عفونت موضعی است که خفیف و به صورت قرمزی و ترشح چرک آشکار میشود. موارد منفردی از عوارض گزارش شده که شامل فیموزیسphymosis( حالتی که پوست کلاهک آلت از روی کلاهک عقب نمیرود ) ، بازشدن زخم، آلت نهفته(hidden penis) ، اشکالات زیبایی به علت پوست اضافه یا کم، احتباس ادراری(urinary retention)، التهاب نوک مجرا (مِآتیت meatitis)، تنگی مِآ (نوک مجرا meatal stenosis)، کوردی(انحنای آلت chordee)، انکلوژن کیست(inclusion cyst)، چسبندگی آلت و باقی ماندن اجزای حلقه است. عوارض جراحی خطیری همچون فیستول مجرا(urethral fistula) ، قطع کلاهک آلت(glans amputation)، و سیاه شدن آلت به دنبال ختنه دیده شدهاست https://pharmacieinde.fr/produit/cialis.تجربه پزشک در کاهش میزان عوارض موثر است.